Der Innenraum der Klosterkirche wird wohl noch für lange Zeit verschlossen bleiben. Deshalb stellt ART. 5|III die Glanzstücke seiner Ausstattung peu à peu in einer Artikelserie vor. Diesmal: die von dem Hauptorgelprospekt geprägte Schauseite der Westempore
Der Prospekt der großen Orgel auf der Hochempore zwischen den Türmen, stilistisch zwischen Spätrenaissance und Frühbarock anzusiedeln, gehört zu den dominanten Eindrücken im Inneren der Michaelskirche und ist in seiner ornamentalen Pracht in Bamberg nur vergleichbar mit den Orgelprospekten in St. Stephan (spätbarock) und in der Oberen Pfarrkirche (Rokoko). Darüber sollte allerdings nicht vergessen werden, dass es eine Orgel war (nämlich das Vorgängerinstrument), die für die größte Katastrophe in der Geschichte der Abteikirche zumindest mitverantwortlich gewesen ist, nämlich für den verheerenden Brand des Jahres 1610. Damals hatte bei Dachreparaturarbeiten ein unvorsichtiger Dachdecker die für die Bleischmelze verwendete Kohlenpfanne auf der Orgel stehen lassen und damit das Großfeuer ausgelöst.
Nach der Wiederherstellung der Kirche in ihrer heutigen Form wurde eine neue Orgel errichtet, möglicherweise von dem um 1615 in Bamberg tätigen Orgelbauer Jakob Niehoff. Bei Reparaturarbeiten um 1670 wurde vermutlich das damals noch vorhandene Rückpositiv, dessen vordere Gehäusefront mit ihrer Maskenschnitzerei noch heute erhalten ist, aufgegeben sowie weitere Prospektteile erneuert. In ihrem Stil passt die Fassung des Instruments in das beginnende 17. Jahrhundert und ist deshalb der älteste original erhaltene Orgelprospekt ganz Oberfrankens.
Das fünfteilige Pfeifenfeld ist von Knorpelwerk und anderen phantasievollen Bildungen umgeben und wird flankiert von zwei großformatigen Schnitzfiguren, die den heiligen Otto (links) und den heiligen Benedikt (rechts) darstellen. Die Analogie zur fast zeitgleichen Domorgel aus dem frühen Barock, die auf den seitlichen Flügeln von Schnitzfiguren des heiligen Kaiserpaares Heinrich und Kunigunde geziert wurde, liegt auf der Hand. Insgesamt erinnert das Ensemble an einen gotischen Flügelaltar, bei dem jedoch die gotischen Konsolen, Fialen und Baldachine durch üppige Renaissancegebilde ersetzt wurden. Prospekt und Holzbrüstung der Empore bilden in ihrer schwarzen Fassung und mit ihrem in Weiß und golden gehaltenen Schnitzdekor eine raumfüllende Einheit.
Die Existenz von Orgeln in der Abteikirche ist seit 1490 nachgewiesen. In diesem Jahr errichtete ein Minoritenfrater aus Böhmen ein Positiv; Reparaturrechnungen gibt es aus der Zeit nach dem Bauernkrieg und im 17. Jahrhundert. Circa um 1730 wurde St. Michael wie so viele andere Großkirchen mit zwei Chororgeln ausgestattet (die in der Regel Evangelien- und Epistelorgel hießen – in dieser Hinsicht bedeutendstes Beispiel in der Region ist die Ebracher Klosterkirche). Diese Chororgeln befanden sich auf den seitlichen Querschiffsemporen, wobei die nördliche dieser Emporen in den Archivalien wiederholt als „Winterchor“ bezeichnet wird.
Die Säkularisationsjahre fügten auch der Abteikirche Verluste beim Orgelbestand zu. Hoforgelmacher Karl Hansen schätzte die Orgeln 1803 wohl zu Verkaufszwecken. Abgänge nach Kupferberg, Erlangen und möglicherweise auch nach Eggenbach (Landkreis Lichtenfels) sind nachgewiesen. Zur Wiederaufstellung von Chororgeln ist es nie mehr gekommen, während die Hauptorgel bis 1889 warten musste, bis sie im Jahre des Ottojubiläums wieder durch einen Neubau der damals das Orgelbauwesen in der Region beherrschenden Firma Steinmeyer (Öttingen) zu ansehnlicher Größe (28 Register auf zwei Manualen) wachsen konnte.
Die Umstellung auf das heute noch vorhandene elektropneumatische Kegelladenwerk und die Vergrößerung auf 40 Register (darunter sieben Mal 16 Fuß!) und drei Manuale erfolgte im Kriegsjahr 1940 durch die Firma Weise aus Plattling, von der es in Bamberg noch ein weiteres Werk (in der Karmelitenkirche) gibt. Erstaunlicherweise blieb trotz sich wandelnder Klangvorstellungen seit dieser Zeit der spätromantische Charakter der Orgel (zumal in Bezug auf die recht grundtönige Disposition und die Pfeifenintonation) erhalten, woran auch eine Generalüberholung durch die Firma Deininger und Renner im Jahre 1964 nichts änderte.
Die letzten Eingriffe an der Orgel datieren aus der Zeit um 1988/89, als der Bamberger Orgelbauer Thomas Eichfelder die sehr anfällige elektrische Anlage sanierte, die Orgel reinigte und teilweise auch nachintonierte. Dazu musste die Doppelspieltischanlage rückgeführt werden, denn die Existenz eines zweiten Spieltisches unten im Kirchenraum war der Hauptgrund für die ständigen Defekte an der Elektrik. Teile des entfernten Spieltisches, z.B. die Klaviaturen, wurden am Emporenspieltisch wiederverwendet oder als Ersatzmaterial im Innern der Orgel eingelagert.
Das Instrument zählt zwar nicht zu den klanglich wertvollsten der Stadt, doch die hervorragende Akustik in der Michaelskirche relativiert dies und ließ in der Vergangenheit das Orgelspiel, zumal anlässlich der zahlreichen Hochzeiten, als feierlich und sehr wirkungsvoll erscheinen. Die lange Schließungszeit wird der Weise-Orgel selbst bei umsichtiger Behandlung während der Restaurierungsarbeiten kaum bekommen. So wäre es angesichts der Bedeutung des prachtvollen Prospekts und der Kirche insgesamt wohl ratsam und wünschenswert, dermaleinst einen Neubau zu erwägen.